Como recordaréis, el anime finalizaba con la revelación de que Akemi Homura utilizó su poder de manipulación del tiempo para repetir una y otra vez el mismo mes e intentar evitar que Madoka Kaname se transformara en Puella Magi y acabase muriendo al enfrentarse contra Walpurgisnacht, la bruja más poderosa jamás vista, creando en el proceso numerosas líneas temporales. Sin embargo, Madoka acababa firmando el contrato con Kyubey para desear que las brujas dejasen de existir de forma retroactiva, salvando a todas las chicas mágicas de su funesto destino y rompiendo el trágico ciclo creado por los Incubadores para recolectar energía y evitar el fin de la existencia da causa de la entropía.¿Debido a este deseo, Madoka se convertía en una entidad divina reescribiendo las leyes del universo y dando lugar a un mundo donde las brujas no existen y en el que las Puella Magi se limitan a acabar con las Pesadillas, criaturas que se forman a partir de los sentimientos negativos de la gente.