Cuando malignos usuarios de stand comienzan a amenazar su ciudad, Josuke Higashikata debe hacer frente tanto a su legado como su destino. Año 1999, han transcurrido 11 años desde la lucha a muerte de Jotaro Kujo contra su archienemigo DIO en Egipto. Ahora, Jotaro viaja a Morioh en la ciudad S de la prefectura M de Japón para buscar a Josuke Higashikata, el hijo secreto de su abuelo Joseph Joestar. Al encontrarlo, descubre que Josuke posee su propio stand y de repente, como si la visita de Jotaro los hubiera atraído, aparece un nuevo grupo de usuarios de stand. Josuke tendrá que pasar a la acción para salvar Morioh, el lugar en el que nació y se ha criado, de la amenaza que se cierne sobre la ciudad.